Vznik tejto dôležitej duchovnej inštitúcie sa datuje do čias biskupa Mychajla Manuila Olšavského, ktorý v roku 1744 založil teologickú školu v Mukačeve. Teologickú školu biskupa Olšavského, presunutú z Mukačeva do Užhorodu, premenil biskup Bachynsky na teologický seminár so štvorročným študijným obdobím.V roku 1941 dostal seminár štatút akadémie.

V roku 1949 pri likvidácii Mukačevského gréckokatolíckeho biskupstva bola akadémia zatvorená. Ale so zatvorením teologickej akadémie úradmi sa nezavreli srdcia mladých mužov, ktorí počuli volanie Krista Učiteľa: „Nasleduj ma“. Od roku 1956 do roku 1991 bolo v podzemí vyškolených a vysvätených 53 kňazov.

Náboženská sloboda, obnovená v roku 1989, umožnila obnoviť činnosť teologickej akadémie. Začal pôsobiť v Mukačeve pod vedením rektora – biskupa Jozefa Golovacha. Od obnovenia Mukačevského gréckokatolíckeho biskupstva získalo diplomy filozofického a teologického vzdelania viac ako 150 študentov akadémie.